Samostanske knjižnice nastaju kad i samostani. Tako i knjižnica samostana Male braće. Posebna spomen joj je povijesnim izvorima od 15. stoljeća a u svezi sa samostanskim skriptorijem u kojem je tijekom kasnog srednjeg vijeka nastalo nekoliko, nekoć čuvenih knjiga korala. O odličnoj opremi i umjetničkoj kvaliteti knjiga izvješćuje bibliofil Rochard de Bury, stoljeće i pol nakon osnutka samostana.
Dva su povijesna razdoblja knjižnice: prije potresa (od dolaska prve braće do uništenja knjižnice u požaru nakon potresa 1667.) i poslije potresa. Ljetopisac fra Vital Andrijašević, koji je u njoj radio kao knjižničar, zabilježio je slijedeće: Ne mogu se sjetiti knjižnice, a da mi se oči ne orose suzama, na koje uređenje sam utrošio osam godina. Knjižnice sa 7 500 svezaka iz svakog područja književne djelatnosti ljudskog duha. Ovdje su bili sakupljeni izabrani dragulji starijih, a nije manjkalo ni glavnih poznatih djela modernih; sve je ovo okruživala kruna dragocjenih slika; po sredini je bio smješten arhiv pun dokumenata i spisa bilo kojeg vremena, a sve to uništi neprijatelj oganj. Nakon požara prostorija knjižnice je obnovljena, a njezin fond vraćen na svoje prvotno mjesto,1695.g, gdje se i danas nalazi. Usporedo s obnovom prostorija nabavljane su i nove knjige, bilo iz drugih samostan, bilo donacijama ili ostavštinama, pa je ubrzo dostignut raniji fond, i to ne samo po količini, nego i po vrijednosti. Uskoro su sastavljeni inventari, a ugled i iskoristivost knjižnice naglo je porastao tiskanjem kataloga fra Inocenta Čulića kojeg je 1860. priredio Ivan August Kaznačić . Fra Mijo Brlek priredio je novi katalog rukopisa 1952., tako da je poslije toga uglavnom koristi njegov.
Knjižnica se sastoji od tiskovnog i rukopisnog dijela. Tiskovni fond sadrži više od 70.000 knjiga, od čega ih je više od 1000 iz 16. Stoljeća. Također posjeduje 216 inkunabula. Knjige zahvaćaju sva područja znanosti, na svim jezicima (ponajviše na hrvatskom, talijanskom i latinskom). Arhiv u sastavu knjižnice sadrži: Rukopisni dio od preko 3.000 katalogiziranih rukopisa, od kojih su neki nastali u 13. i 14. stoljeću, te ulomaka na pergameni iz 11. stoljeća, kao i 22 knjige korala, nastale između 14. i 17. stoljeća, više njih sa prekrasnim inicijalima. Arhiv samostana i Franjevačke provincije sv. Frana ima preko 20.000 dokumenata.